Esta misión está Ubicada al norte de la de Santa María de Los Ángeles. La Expedición de fray Junípero Serra acompañado de fray Miguel de la Campa y Cos, así como del gobernador Gaspar de Portalá, descubrieron un sitio y consideraron era adecuado para fundar una misión ya que su valle resultaba atractivo por lo fértil que se apreciaba y facilitaría así la comunicación entre las misiones de la Alta y Baja California.
Fue así como el 14 de febrero de 1769, el misionero Serra, presidente de los franciscanos en las Californias, fundó la misión de San Fernando Velicatá, que fue la primera y última de esta orden religiosa. El padre Miguel de la Campa se hizo cargo de la misión, permaneciendo cuatro años en ella y durante este periodo se construyó el edificio y se acondicionó el valle para el cultivo. Aproximadamente 300 Cochimíes fueron bautizados por Campa y muchos otros recibieron instrucción religiosa durante la ocupación franciscana. Varias epidemias, entre ellas la de viruela negra, abatieron la comunidad diezmándola drásticamente, por lo que la misión se abandonó poco después. Existen restos importantes de lo que era la misión.
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